Il était une fois un petit village dont l'origine et le nom remonte au Moyen-Âge...
L'origine du nom du village peut avoir deux sources : le mot "Sixt" provient du nom "scis" signifiant pierres fendues (sciées) ou alors il s'agirait de six rescapés ayant survécu à une épidémie de peste à cette époque.
On retrouve dans la commune plusieurs emplacements de carrières fournissant autrefois des meules pour les moulins et des pierres de cheminées.
On commença par l'appeler "Les Sits" (du vieux français "essuit, suit" signifiant "zone dégagée, sèche" désignant l'alpage) ou "Les Sits sur Thônes" puis on décida finalement d'y ajouter le nom de Saint Jean en l'honneur du saint patron de la paroisse, Saint Jean Baptiste. Et c'est de là qu'est né Saint Jean de Sixt.
En 1861, on pouvait compter 482 habitants pour une superficie de 1221 ha, alors qu'en 2020, on en dénombrait 1475 pour la même superficie.
La particularité de Saint Jean de Sixt est d'avoir changé de Chef-Lieu il y a plusieurs siècles.
Ainsi, il y un siècle et demi, la modification du tracé reliant la Clusaz à Thônes entraîna l'abandon progressif de l'emplacement dit "Le Crêt de Saint Jean" pour l'emplacement actuel.
Alors, de 1868 à 1875, une nouvelle Eglise, une Mairie-Ecole, un presbytère furent construits, et dès lors, les constructions se sont multipliées au nouveau Chef-Lieu.
Comment ne pas parler du Bienheureux Pierre Favre (premier prêtre Jésuite) né le 13 avril 1506 au Villaret.
Il étudia à Paris en Arts et en Théologie. Il fît également parti de la Compagnie de Jésus et enseigna la Théologie dans une université.
Il a été béatifié par le Pape Pie IX en 1872 et récemment canonisé par le Pape François le 17 décembre 2013.
La paroisse nouvelle porte le nom de ce Bienheureux natif de Saint Jean. Elle est composée de 12 communautés (La Balme de Thuy, Le Bouchet Mont Charvin, Les Clefs, La Clusaz, Dingy St Clair, Entremont, Le Grand-Bornand, Manigod, Saint Jean de Sixt, Serraval, Thônes, Les villards/Thônes).
En 1601, une chapelle fut construite en son honneur au lieu-dit du Villaret, qui fût détruite et reconstruite durant la Révolution Française.
